Музей был основан в 1965 году как школьный уголок краеведения. В 1985 году он стал филиалом Национального музея Республики Башкортостан. В 1991 году для музея построили отдельное здание по проекту архитектора Александра Клемента. За этот проект они с Михаилом Старцевым, управляющим трестом «БНЗС», получили Государственную премию Башкортостана имени Салавата Юлаева.
В 2020 году ураган повредил крышу здания. Глава республики поручил провести комплексную реновацию музея. Концепцию проекта обсудили на выездном совещании.
Капитальный ремонт начался в апреле 2025 года. Строители заменили кровлю, обновили фасад и входную группу, установили новые окна и модернизировали инженерные сети.
Глава республики осмотрел территорию музея и его внутреннее пространство. В разговоре с журналистами Радий Хабиров рассказал о планах завершения капремонта.